平行志愿虽已实行多年，但对于许多首次高考的考生和家长来说，仍是“新事物”。常有考生和家长咨询：“我被A学校退档了，但高考分数高于后续志愿院校的调档线，为什么没有把我的档案投到其他院校？”这说明，有的考生可能对平行志愿投档规则还不太清楚。
平行志愿投档原则为“分数优先，遵循志愿，一轮投档”。
分数优先
“分数优先”即由高考成绩总分加上照顾政策分值后生成排序成绩，按排序成绩分科类从高分到低分排定位次，然后按位次优先的原则，根据考生平行志愿的自然顺序从前到后进行检索，一经检索到计划未满额的学校，即向该校投档；排序成绩相同的考生，依次按语文、数学、外语听力成绩排序。
遵循志愿，按序检索
“遵循志愿”是指检索考生的院校志愿时，严格按照考生同批次填报志愿的院校自然顺序（平行志愿的多所院校从前到后形成的自然顺序）依次进行。一旦检索到符合投档条件的院校时，则投档到该校，不再检索该考生的后续院校志愿。
如考生小陈在本科一批填报了ABCDEF共6个院校志愿，在检索志愿时，计算机系统将按照A-B-C……的自然顺序依次检索他的院校志愿。当系统检索到A志愿院校时，如果还有剩余的招生计划，并且小陈符合该校录取规则，那么小陈会被投档到A院校；如果位次在小陈之前的考生已经将A志愿院校的招生计划占满，那么小陈的档案则无法投向A志愿院校，系统会再检索小陈的B志愿院校。如果B志愿仍没有剩余的计划，则按CDEF的顺序继续检索。
一轮投档，一次机会
“一轮投档”是指在当轮投档中，考生的档案只能投放一次，不能多次重复投档。若考生档案投出后因其他原因被退档，即使考生成绩达到后续院校志愿投档条件，档案也不再投到后续志愿，只有等待参加征集志愿或下一批次录取。